خیریه امام حسین علیه السلام در گام نخست با نیات خیرخواهانه و کمک به افراد نیازمند پایه گذاری شد اما با گذر زمان و فعالیت خیریه‌های دیگر در زمینه معیشتی، پایه گذاران این خیریه برای تخصصی کردن فعالیت‌های آن عزم خود را جزم کرده و بیش از سه دهه است که این خیریه در حوزه تخصصی مسکن به نیازمندان شهر اصفهان خدمت رسانی می‌کند.
کمک به تهیه مسکن، ساخت مسکن ارزان، کمک به بازسازی، تعمیز و تکمیل منزل مسکونی، اهدای کمک هزینه رهن و اجاره از مهم‌ترین اقدامات این خیریه طی سال‌های گذشته بوده است.
بر این اساس تاکنون خیریه تخصصی مسکن امام حسین (ع) تاکنون حدود ۲۳۰ واحد مسکونی را در سطح شهر اصفهان برای مددجویان به بهره برداری رسانده و در اختیار مددجویان قرار داده است.
احداث پروژه‌های مجتمع مسکونی ۲۴ واحدی حافظ، ۳۶ واحدی گلستان، ۲۰ واحدی قدس، ۳۰ واحدی محمد طاهر، ۲۵ واحدی آل محمد، ۳۵ واحدی ابن سینا، ۱۲ واحدی شهرک امام حسین (ع)، ۲۵ واحدی ساحل، ۱۵ واحد نگارستان، ۸ واحدی شهید چمران و ۳۸ واحدی یونارت، بازسازی مسکن مددجویان، کمک برای تامین تجهیزات و لوازم خانگی، خرید منازل کوچک برای مددجویان، رهن و اجاره مسکن، برگزاری همایش‌ها و جلسات هفتگی، برگزار همایش با هدف فرهنگسازی و ایجاد بستری برای کمک به نیات خیرین، جلسات هفتگی چهارشنبه برای مددجویان در اولویت از مهم ترین اقدامات این خیریه طی سال‌های گذشته بوده است
همچنین لازم به ذکر است که خیریه تخصصی حوزه مسکن امام حسین علیه السلام به عنوان اولین موسسه خیریه‌ای است که به موسسات خیریه بین المللی پیوسته و موفق به دریافت استاندارد ایزو ۹۰۰۱ و عضویت در سازمان کیفیت‌های برتر ایران شده است.
خیریه تخصصی مسکن امام حسین علیه السلام در سال ۱۳۶۱ و با همت مرحوم حاج محمد امینی، خیراندیشی خستگی ناپذیر پایه گذاری شد، اولین جلسه این خیریه در سال ۱۳۶۱ در اصفهان، شهر فرهنگ با مردمانی نوعدوست و متدین و در منزل حاج مهدی سهیلی پور با حضور مرحوم حجت الاسلام حاج اقا محمد حکیم الهی، مرحوم حاج محمد امینی، شهید حسن نصوحی و حاج علی ابریشم کار تشکیل شد، پس از مدتی با کمک افراد خیر و سرشناس در بازار اصفهان اتاقکی در مسجد کرمانی به عنوان پایگاه اصلی خیریه انتخاب شد و فعالیت رسمی آن زیر نظر علمای بنامی همچون مرحوم آیت الله حاج آقا حسن فقیه امامی، حجت الاسلام حاج آقا کمال فقیه امامی و حجت الاسام حاج آقا محمد حکیم الهی آغاز شد.
همزمان با آغاز جنگ تحمیلی که بخشی از مردم اصفهان با مشکلات معیشتی رو به رو شدند و برخی خانه‌های خود را از دست دادند با رساتر شدن فعالیت‌های خیریه امام حسین در این ایام افراد زیادی به عنوان خیر و یا مددجو به این خیریه مراجعه کردند رفته رفته میزان مراجعات و رفت و آمدها زیاد و فضای موجود در مسجد کرمانی پاسخگوی نیاز مراجعات نبود.
با همت خیری نیکوکار به نام حاج آقا رضا مشکاتی مغازه‌ای ۲۰ متری در سرای محمد صادق خان در بازار اصفهان به خیریه اختصاص یافت و این امر فعالیت‌های خیریه را دو چندان کرد.
موسسه خیریه امام حسین علیه السلام با هدف اصلی تامین سرپناهی برای بی پناهان راه اندازی شد اما با خرید زمینی ۲۰۰ متری در خیابان حافظ کوی کرمانی و ایجاد ساختمانی مناسب، در ادامه راه آموزش و فرهنگسازی را در دستور کار خود قرار داده و با برگزاری دوره های آموزشی در رشته های مختلف دینی، ورزشی و زبان‌های خارجی، مشاوره و ... رسالت فرهنگی خود را نیز تحقق بخشید.
این خیریه امروز با تحت حمایت قرار دادن بیش از ۹ هزار خانواده در اصفهان به درختی تنومند تبدیل شده که هر روز به ابعاد رشد آن افزوده می‌شود و مامنی برای بسیاری از خیران در اصفهان است.